“科学小舟新科学”对基本粒子结构的阐述不会像现代科学那样虚幻而脱节现实，如果人们还想用旧科学的线性思维的模式去探索原子的标准模式以图“省事快捷”，或者因为积累了一定的“修正系数”的理论而妄自尊大、自命非凡，结果是越修正越复杂，越修正就越错误，这是可悲又可笑的。真实的物质结构必定是多维立体、复杂多变的，可以这样地说，想以简单几种粒子标准模式，以静态的思维方式来概括宇宙的物质类型这是不可能的，“科学小舟新科学”的物质分类方法是既考虑人类观察感受世界的特点，又以立体思维动态的思路，对物质的本质进行思索和描述，所以很多时候是与已有的现代科学没办法兼容的，而只有具备立体综合的“科学小舟新科学”思维方法，在研究物质的规律才不会停滞不前，人类科学才会得以突破性的发展。
在科学小舟第六定律章节中的“基本粒子”结构模型是在理想状态下表现出的现象，比如认为大粒子的形成是由于“某小粒子空穴”的作用形成的，这只是为了论述的方便，其实粒子的形成并不是因为仅有的单一层次的粒子空穴作用产生的，就比如某一个空穴它会既存在对光子的吸引，又存在对电子的吸引，它们又能共同作用于构成分子的热子，在前面的基本粒子构成原理中只说是电子空穴作用的结果，这是为了方便论述物质形成的大原则大规律而已。因为宇宙物质存在无限多的层次，所以同一空间的物质空穴的层次也必定是数不胜数的，在一般的条件下将物质的形成看作是一个层次的物质空穴作用的结果还是略显苍白的，我们在此不妨将物质的形成分多几个层次的空穴作用，将物质的形成看作是相对量化的几个层次粒子的空穴综合作用的结果。比如在前面的原子模型中，为了方便论述，只采用了仅以单一的电子或磁子的空穴代表了全部的空穴情况来分析，这是以综合的方法来看待物质的构成机理，实际上不管是否真的存在有更多层次的空穴物质参与原子的形成，我们都可以这样认为，在一个原子的内核里，既存在电子的空穴，又存在磁子的空穴，又存在光子的空穴……而它们对组成原子的粒子（热子）的作用力大小，只有在通过实际的检验才能最终确认。
原子既是光子空穴作用的结果，也可能又是电子的空穴，在物质构成多维性的立体世界里，“绝对的某某粒子的空穴”产生的物质是不存在的。比如“科学小舟新科学”认为地球的必定是“某某子的空穴”的产物，因为这是所有物质“成物”（形成星球）的基本条件，它能让山川河流凝聚，那么它的核心可以看作是“山川河流物质”的空穴，它能对小石块吸